Aus den genannten Zutaten mit dem Knethaken einen Hefeteig herstellen und diesen an einem warmen Ort zugedeckt gehen lassen (ca. 30 Min.). Für die Füllung Zwiebel und Knoblauch in wenig Fett anschwitzen. Etwas abkühlen lassen, Thunfisch und Käse daruntermischen.

Sobald der Hefeteig sich verdoppelt hat, die vorbereiteten Zutaten unterkneten und nochmals kurz ruhen lassen. Den Backofen auf 200° C vorheizen und eine Muffin-Form einfetten. Aus dem Teig 12 Kugeln formen, in die Muffin-Form setzen und jeweils eine kleine Mulde hineindrücken.
Den restlichen Käse, Thymian, Tomaten und Pesto darüber verteilen. Die Muffins 20 bis 25 Min. backen, aus dem Ofen nehmen und kurz ruhen lassen. Anschließend aus der Form nehmen und noch warm servieren.